GenEval: une année placée sous le signe de l’optimisation des services

15 janvier 2020

Afin d’anticiper l’application du RZUE (UE 2016/1012) au 01/11/2018, les acteurs de la sélection génétique en France ont entamé bien en amont un travail de réflexion et d’adaptation de leur fonctionnement à cette nouvelle législation. Du côté des organismes de sélection (OS), le RZUE élargit leurs responsabilités et leur pouvoir décisionnel pour les placer en pierre angulaire du dispositif génétique. Ils sont désormais en charge de la certification de la parenté des ruminants, de la tenue du livre généalogique, du contrôle de performances, de l’évaluation génétique des reproducteurs ainsi que de la publication des résultats. Afin de mener à bien toutes ces missions, il leur est possible de déléguer certaines tâches à des organismes tiers, comme GenEval. En effet, lors des discussions autour de l’évaluation génétique, une volonté commune de garder une indexation mutualisée et française a émergé. Race de France et Allice ont donc créé l’association GenEval en fin d’année 2017, à qui les organismes de sélection français ont confié l’indexation génétique des ruminants. La passation de ces missions par l’INRAe a débuté dès janvier 2018 pour que GenEval soit opérationnel dix mois plus tard.

GenEval, une équipe au service de l'indexation

Dès sa création, l’équipe GenEval, composée d’informaticiens et de généticiens, a travaillé en partenariat avec l’INRAe (UMTs, eBis et GPR) pour le transfert des chaines. Ce travail d’adaptation et de mise à jour a nécessité beaucoup d’investissement de la part de toutes les équipes. Cette collaboration anticipant l’application du RZUE a permis d’éviter une rupture de service de calcul des index et une évolution du transfert des chaînes transparente : les utilisateurs ont eu leurs résultats d’index sans changement de rythme, de méthode, ou de format du rendu.

Le service informatique, support technique des évaluations, assure le développement et la maintenance des chaines de calculs et de l’ensemble des outils nécessaires au fonctionnement de GenEval. En 2019, l’équipe a poursuivi l’automatisation des chaînes d’indexation. Cette étape a nécessité un long travail de développement en amont et désormais, c’est la disponibilité de toutes les informations nécessaires pour la chaîne de calcul qui déclenche l’indexation. L’analyse des données nécessaire à ces calculs (performances, typages, généalogies, …) est chronophage, surtout pour les races à effectif important (Prim’Holstein, Charolaise, …). L’automatisation permet ainsi un gain de temps en traitant toutes les races en parallèle et de façon indépendante. En cas de données manquantes (typages, performances, généalogies, etc.), l’intervention est plus rapide et plus efficace. Cette sécurisation du process fiabilise le déroulement de l’évaluation génétique. L’année 2019 a également permis de mettre en place un programme de facturation pour l’indexation de tous les animaux.

Le service génétique assure le suivi des évaluations des ruminants et l’évolution dans le temps des chaînes d’évaluation. Il participe ainsi aux réunions de réflexion où les OS font part de leur demande d’évolutions dans leurs indexations : changement des index de synthèse, indexation d’un nouveau caractère, modification des pondérations, etc… L’INRAe, Idele, Allice, France Conseil Elevage, Valogène et GenEval ont cette année encore, mis leurs compétences en commun afin de répondre à ces demandes. Chaque maillon de la chaîne génétique a eu son rôle à jouer pour rendre viable les projets menés par les OS. En parallèle des ruminants, de nouvelles espèces ont fait appel à GenEval afin de développer une indexation spécifique. C’est le cas cette année de la Société Centrale Canine.

Le service relations clients et partenaires travaille en lien avec les services génétique et informatique. En 2019, une des principales missions a été de faciliter l’organisation des échanges avec les OS à travers notamment la Forge GenEval. Parallèlement à cela, le développement de nouveaux services à la demande a débuté avec Parenté Géno. Ce service de calcul des parentés génomiques, développé en partenariat avec l’OS Umotest, est désormais ouvert à tous les OS des autres races. Enfin, GenEval s’est engagé dans le Système de Management de la Qualité de France Génétique Elevage (FGE), interprofession de la génétique des ruminants, appuyée sur la norme ISO 9001. En juillet 2019, FGE a obtenu le Certificat Qualité ICAR (International Committee for Animal Recording) pour la collecte de performances et l’évaluation génétique bovins, caprins et ovins, des filières laitières et allaitantes. Cette certification reconnue au niveau international, concerne l’ensemble du dispositif génétique français des ruminants et garantit ainsi à nos clients et partenaires fiabilité des procédures, objectivité des évaluations génétiques et qualité des résultats.

2020, en route vers le Single Step

L’année 2019 s’achève sur un bilan positif pour GenEval, ayant atteint les objectifs fixés par son Conseil : fin du transfert et automatisation des chaînes, développement des projets informatiques sans interruption du service d’évaluation et implication dans les comités de réflexion sur les projets génétiques aux niveaux national et international. En ce début d’année 2020, le rythme s’intensifie avec la préparation de la mise en œuvre de la méthode Single Step, portée par le projet UNIGENO. S’étalant sur 3 ans, ce projet va engendrer de nombreuses étapes de modifications sur l’ensemble des chaînes de calcul. Le but est d’améliorer la qualité des évaluations des deux filières bovines grâce à des évolutions méthodologiques et des programmes plus performants. Optimiser les évaluations génétiques reste une priorité avec un engagement fort pour GenEval : garantir la continuité du service d’indexation mutualisée.

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