Un nouveau service à GenEval: Le calcul des parentés génomiques

21 juin 2019

Au-delà de sa mission de centre d’évaluation collectif et mutualisé, GenEval a la possibilité de proposer aux OS des services à la demande. Le nouveau service de calcul de parentés génomiques illustre le cas d’un service mis en place dans un cadre privé, mais qui sera ensuite ouvert à tous les OS.

A l’origine du projet

L’un des Organismes de Sélection (OS) en race Montbéliarde, Umotest, a fait une demande à GenEval pour développer un service parenté génomique et accouplements génomiques. Les recherches dans ce domaine étaient bien avancées du côté de l’INRA, dans le cadre des travaux de l’UMT eBIS et en partenariat avec MO3 (plateforme partenariale d’innovation en Montbéliarde). Un logiciel parenté a ainsi été développé. GenEval a ensuite créé une chaîne spécifique afin de pouvoir produire des parentés génomiques de façon régulière. La collaboration de la recherche (INRA-MO3) et du développement (équipes informatique et génétique chez GenEval) permet aujourd’hui à Umotest de déployer sur le terrain ce service de calcul des parents génomiques. A partir de janvier 2020, les OS qui le souhaitent pourront souscrire à ce nouveau service.

Fonctionnement du service parenté géno

L’OS dépose sur un serveur informatique de simples listes d’animaux. Les listes sont traitées par la chaîne d’indexation à GenEval. Le coefficient de parenté du produit à naitre, basé sur l’information génomique des parents est calculé. Les résultats sont ensuite mis à disposition de l’OS.

Avantages pour les utilisateurs

Le coefficient de parenté génomique est plus fiable que le coefficient de parenté basé sur les pedigrees. Il s’affranchit des éventuelles erreurs de pedigree, voire de pedigree absent ou incomplet. Il est également plus précis, car il va se baser sur des comparaisons directes du génome, marqueurs par marqueurs, en fonction de la fréquence des allèles portés par le produit potentiel. Précision, fiabilité et informations disponibles rapidement pour optimiser la gestion de la parenté.

Qui peut utiliser ce service ?

Ce service est ouvert pour tous les animaux qui sont génotypés, quelle que soit la puce de génotypage. Il utilise les données de typages des animaux. Si vous êtes intéressés, n’hésitez pas à nous contacter.

Disponibilité du service

Le service sera proposé aux autres OS à partir de janvier 2020. Dans un premier temps, il est ouvert pour Umotest au titre d’un partenariat privé de développement du projet. Vous trouverez des informations plus complètes dans le communiqué de presse d’Umotest.

 

Contacts

Contacter le service client :

via votre espace dédié sur la forge GenEval

ou par mail : contact@geneval.fr

ou par téléphone au : +33 (0) 1 85 36 05 05

 

Partenaires 

INRA/UMT eBis (https://www6.jouy.inra.fr/gabi/Le-Partenariat/Profession-de-l-Elevage/Unite-Mixte-Technologique-eBIS)

MO3 (http://www.mo3.fr/)

Umotest (https://www.umotest.com/)

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